Bioinformatikere til IT og Bioinformatik-afsnittet

Afdelingen for Sekventering og Bioinformatik, Statens Serum Institut

Statens Serum Institut (SSI) søger aktuelt to bioinformatikere til IT og Bioinformatik-afsnittet i Afdelingen for Sekventering og Bioinformatik. Du vil blive en del af et stærkt fagligt miljø, der arbejder med WGS-baseret national mikrobiologisk overvågning, som spiller en central rolle i Danmarks infektionsberedskab og folkesundhed.

Stillingen er ideel for dig, der trives i krydsfeltet mellem rutinedrift, datahåndtering og udvikling af bioinformatiske løsninger, og som motiveres af at arbejde med samfundskritiske data i tæt samarbejde med både laboratorier og andre faggrupper.

Om jobbet

Din hverdag vil være præget af opgaver inden for national mikrobiologisk overvågning, hvor du både indgår i den daglige drift og bidrager til videreudvikling og kvalitetssikring af bioinformatiske analyser og infrastrukturer. Arbejdet foregår i tæt samarbejde med kolleger på tværs af afdelinger, herunder både våd- og tørlab og IT-specialister.

Dine primære opgaver vil bl.a. omfatte:

• Daglig drift af den nationale mikrobiologiske overvågning
• Udvikling, automatisering og optimering af bioinformatiske workflows og pipelines til håndtering af WGS-data med fokus på kvalitet, sporbarhed og robusthed
• Drift og vedligeholdelse af bioinformatiske platforme og systemer, herunder Galaxy, IRIDA og SQL-databaser
• Overvågning og kvalitetssikring af bioinformatiske analyser i et rutinepræget produktionsmiljø
• Udvikling af dokumentation og undervisningsmateriale til formidling af teknisk og bioinformatisk viden
• Deltagelse i tværfagligt samarbejde mellem laboratorier og bioinformatik
• Bidrag til integration og dataudveksling mellem systemer, herunder via API’er

Din baggrund

Du har en relevant akademisk uddannelse inden for bioinformatik, computational biology eller et beslægtet område og har interesse for – og gerne erfaring med – national mikrobiologisk overvågning og Public Health.

Vi forventer, at du:

• Har erfaring med WGS-baseret overvågning af mikroorganismer og arbejder struktureret med høj kvalitet og leveringssikkerhed
• Har praktisk erfaring med Illumina- og Nanopore-sekventeringsteknologier
• Kan varetage drift, overvågning og kvalitetssikring af bioinformatiske analyser
• Har erfaring med udvikling og vedligeholdelse af bioinformatiske pipelines og workflows
• Har gode kompetencer inden for programmering (fx Python, Bash og/eller R)
• Har forståelse for sammenhængen mellem laboratorieproduktion, bioinformatisk analyse og efterfølgende datalagring og -anvendelse
• Har erfaring med SQL og databaser og kan arbejde med både eksisterende løsninger og udvikling af nye
• Har erfaring med arbejde i UNIX/Linux-miljøer, herunder gerne anvendelse af high-performance computing (HPC)
• Kan formidle teknisk og bioinformatisk viden klart og struktureret

Det er en fordel, hvis du:

• Har erfaring med Galaxy og IRIDA i en overvågningskontekst
• Har arbejdet med API’er og systemintegration
• Har kendskab til kø-systemer som Slurm
• Har erfaring med eller kendskab til nbdev som framework til udvikling, dokumentation og vedligeholdelse af Python-pakker
• Har erfaring fra Public Health-området

Personlige kompetencer

Vi lægger vægt på, at du:

• Er kvalitetsbevidst og detaljeorienteret
• Trives i et tværfagligt miljø og har gode samarbejdsevner
• Kommunikerer klart på både dansk og engelsk (arbejdssproget i sektionen er primært engelsk)
• Er nysgerrig, vidensdelende og tager ansvar for dine opgaver

Vi tilbyder dig
Dine evner og dit engagement bidrager til at løse vores fælles kerneopgave på SSI, som er en arbejdsplads, der er internationalt anerkendt for at løse nationale og globale sundhedsopgaver. Du bliver en del af en organisation med 900 medarbejdere, der løfter meningsfulde opgaver, som styrker menneskers- og dyrs sundhed gennem forskning og beredskab.

Vores hverdag er præget af mange forskelligartede opgaver, åbne døre og et bredt samarbejde med engagerede og dygtige kollegaer. Du får mulighed for en fleksibel hverdag med en god balance mellem arbejde og fritid, da SSI er en arbejdsplads med en 37-timers arbejdsuge med flekstidsaftale.

På SSI har vi en aktiv personale- og idrætsforening (IK-SERA) med holdtræning og motionslokaler, fredagsbar og forskellige sociale arrangementer – og vores Campus rummer endda både tennisbaner og egen børneinstitution. SSI er placeret centralt beliggende i København med grønne arealer og gode offentlige transportmuligheder (bus og metro) og har fri parkering på området.

Sådan er dit kommende team
Afdeling for Sekventering og Bioinformatik på SSI er en del af det nationale diagnostiske infektionsberedskab og varetager opgaver indenfor sekventering og det bioinformatiske setup i forhold til analyser af en lang række sygdomsfremkaldende mikroorganismer i Danmark. Afdelingen består af ca. 30 medarbejdere, fordelt på 2 afsnit, samt flere forskere der referer direkte til afdelingslederen. De to afsnit er et sekventerings-afsnit bestående af 5 laboratoriemedarbejdere og et ny-etableret IT og Bioinformatik sektion. Dette står for udvikling og drift af bioinformatiske pipelines, samt drift og vedligehold af private cloud solutions. Data der bliver analyseret i sektionen er primært sekventeret i sekventeringssektionen, og består af prøver til den nationale overvågning samt forskningsprojekter. Sektionen sørger for at data bliver logget, kvalitetssikret og at der er pipelines tilgængelig til analysering i samarbejde med relevante faggrupper og afdelinger på SSI.

Lyder jobbet som noget for dig?
Send os dit CV og ansøgning, også selvom du ikke opfylder alle vores forventninger til kriterier eller erfaring. Vi beder dig om ikke at indsætte et foto i dit CV, da vi bestræber os for en mere inkluderende rekrutteringsproces med lige muligheder for alle vores jobansøgere.

Vi forventer at afholde samtaler fra uge 9.

Har du yderligere spørgsmål til stillingen eller ansøgningsprocessen kan du kontakte mig, Afdelingschef Marc Stegger på mail mtg@ssi.dk eller på tlf. 3268 8141. Du kan læse mere om, hvordan du ansøger og rekrutteringsforløbet her.

Vi ser frem til at høre fra dig.