Molekylærvirologisk Forsker til Veterinær Virologi - Statens Serum Institut

Har du lyst til at arbejde med forskning og beredskab i forhold til veterinære virus? Besidder du høj faglighed og har du lyst til at være en del af holdet, der leverer et førsteklasses arbejde omkring diagnostik, overvågning og forskning inden for det veterinære beredskab i Danmark? Så er du måske vores nye kollega!

Om afdelingen
Som vores nye kollega vil du blive en del af Afdeling for Virologi og Mikrobiologisk Beredskab (VMB), som består af ca. 140 medarbejdere med vidt forskellig faglig baggrund.

I VMB udfører vi diagnostik, overvågning og forskning i virusinfektioner. VMB er det nationale centrale laboratorium inden for virologi i Danmark og varetager de nationale referencelaboratoriefunktioner for både humane og veterinære virus.

Du vil blive tilknyttet Sektion for Veterinær Virologi (VETVIR), som varetager det nationale laboratorieberedskab for alvorlige smitsomme virussygdomme i husdyr som fx. Afrikansk svinepest og Bluetongue. Herudover arbejder vi med andre virus, der har betydning for sundhed i husdyr og vildt, bl.a. rabies, coronavirus og vektorbårne sygdomme. I sektionen er vi pt 9 akademikere, 9 laboranter og 2 laboratoriebetjente. Vi brænder for at levere vores kerneopgave i et One-Health perspektiv og vægter godt samarbejde, spændende udfordringer og daglig trivsel højt.

Din hverdag hos os
Du kommer til at indgå i overvågnings- og forskningsprojekter relateret til det veterinære beredskab for vigtige anmeldepligtige husdyrsygdomme, såsom Afrikansk og klassisk svinepest, mund- og klovesyge, Bluetongue, etc. Derudover forventes det, at du deltager i myndighedsbetjening.

Du vil i dit arbejde komme til at samarbejde bredt i afdelingen og på instituttet med både laboranter og akademikere.

Dine primære arbejdsopgaver:

• Molekylær karakterisering af virus ved brug af metoder såsom PCR (inkl. long-range PCR og RT-qPCR) og Sanger sekventering, samt short og long read NGS
• Udvikle, optimere og validere laboratorieanalyser, herunder diagnostiske metoder og nye eksperimentelle workflows
• Bioinformatisk analyse af virusgenomsekvenser og komplekse NGS datasæt, inkl. variant analyse af virus populationer, haplotyping, og fylogenetiske analyser og karakterisering af virusdiversitet
• Metagenomisk analyse til virusopsporing, de novo assembly og karakterisering af nye eller ukendte vira
• Ansvarlig for opsætning, implementering, oplæring, og løbende vedligehold af VETVIRs bioinformatiske workflows, inkl. udvikling af nye værktøjer og workflows
• Udarbejde dokumentation, SOP’er og kvalitetsprocedurer i forbindelse med nye laboratorie og bionformatiske metoder
• Deltage i analyser, rapportering og projektarbejde i tæt samarbejde med interne og eksterne samarbejdspartenere
• Deltage i møder, symposier og konferencer af relevans for VETVIR og VMB.
• Deltage i den veterinære myndighedsbetjening

Din uddannelse, erfaring og personlige kvalifikationer
Du er uddannet biokemiker, molekylærbiolog, bioinformatiker eller lignende og har solid laboratorieerfaring kombineret med stærk veterinær virologisk forståelse.

Du har en ph.d.-grad inden for molekylær virologi/veterinær virologi og dokumenteret erfaring med karakterisering af virus og anvendelse af avancerede molekylærbiologiske metoder. Dette inkluderer blandt andet lang PCR, qPCR/RT-qPCR, kloning, revers genetik, samt håndtering og sekventering af prøver ved brug af både Illumina Miseq og Oxford Nanopore platforme. Du har samtidig erfaring med udvikling og optimering af metoder, fx design of validering af pan-PCR assays ved brug af semi-automatiske primer-design værktøjer, samt etablering af deep-sequencing strategier. Derudover har du erfaring med at opbygge bioinformatiske workflows til metagenomics, genome assembly, og karakterisering af virale subpopulationer.

Vi ser gerne at du har erfaring med eller besidder følgende kvalifikationer:

• Post-doc erfaring indenfor veterinær virologi og bioinformatik
• Erfaring med variant analyse af virus subpopulationer og haplotyping
• Kendskab til fylogenetiske analyser, værktøjer og metoder
• Erfaring med Python og R, inkl. Shiny apps
• Erfaring med at arbejde i Unix
• Erfaring med virus metagenomics
• Erfaring med opbygning, drift og vedligeholdelse af pipelines til NGS analyser

Derudover forventer vi, at du:

• Er glad for, og dygtig til at kommunikere på forskellige niveauer
• Har gode samarbejdsevner
• Kan arbejde selvstændigt og tage ansvar for arbejdsopgaver
• Er engageret, initiativrig og fleksibel
• Bidrager til et godt arbejdsmiljø og udviser omsorg for dine kolleger

Vi tilbyder
En arbejdsplads med erfarne kollegaer, der brænder for at opretholde et stærkt nationalt beredskab og udøve forskning i vigtige virusinfektioner i Danmark.

Vi er en fleksibel og familievenlig arbejdsplads med 37 timers arbejdsuge inkl. frokostpause. Vi vægter kompetenceudvikling højt. Vi er centralt beliggende i København tæt på bus og metro.

Om ansættelsen
Du bliver ansat efter gældende overenskomst mellem Finansministeriet og Akademikernes Centralorganisation og i henhold til gældende stillingstruktur for videnskabeligt personale med forskningsopgaver ved sektorforskningsinstitutioner.

Du vil i forbindelse med dit arbejde blive pålagt restriktioner i forhold til kontakt til klovbærende dyr og fjerkræ.

Forventet ansættelsesstart er 1. feb 2026 eller snarest herefter.

Der er tale om en varig stilling med tiltrædelse snarest muligt.

Du skal med henblik på bedømmelse af dine forskningsmæssige kvalifikationer indsende en publikationsliste og 2-3 videnskabelige arbejder. De forskningsmæssige kvalifikationer vil blive bedømt af et fagkyndigt udvalg nedsat i henhold til gældende stillingsstruktur for videnskabeligt personale med forskningsopgaver ved sektorforskningsinstitutioner.

Ved ansættelse som forsker forventes du at overgå til stilling som seniorforsker efter maksimalt 4 år, forudsat du har anmodet om samt modtaget en positiv seniorforskerbedømmelse. Såfremt du ikke har anmodet om eller fået en positiv seniorforskerbedømmelse, vil du blive opsagt i henhold til gældende stillingstruktur for videnskabeligt personale med forskningsopgaver ved sektorforskerinstitutionerne.

Kontakt os gerne
Få mere at vide om stillingen ved at ringe til sektionsleder Louise Lohse, tlf.: 32688370.

Er du interesseret?
Klik på "søg stillingen" og send os din ansøgning med CV og eksamensbevis. Ansættelsessamtaler forventes afholdt i uge 2 og 3. Du kan læse mere om os på www.ssi.dk.