Bioinformatiker ved SSI - Fødevarebårne Bakterier
Vil du arbejde med fødevarebårne bakterier og bidrage til udvikling af WGS-metoder til overvågning og forskning?
Jobbets indhold
I afdelingen for Bakterier, Parasitter og Svampe arbejder vi med kontrol af infektiøse bakterier. Vi har implementeret hel-genom sekvensering (WGS) af bakterier som en avanceret del af vores sygdomsovervågning, til udbrudseftersporing og som del af vores forskningsprojekter. Vi tilbyder en stilling som bioinformatiker i sektionen for fødevarebårne infektioner. Du bliver en del af et team med stærke ambitioner inden for udvikling af nye teknikker til forståelse af bakteriel evolution, optimering af analyse af WGS data og udredning af fødevarebårne udbrud.
Dine primære arbejdsopgaver:
- Genkald, cgMLST og SNP
- Metagenomics, pangenomics, samt phylogenetics
- Targeted sekventering og typning af bakterier i komplekse prøver
- Short og long-read sekvensering
- Kodning i bash, R, python, snakemake, samt at arbejde på HPC
- Vedligeholdelse og debugging af kode og databaser
- Test og implementering af forskellige nye bioinformatiske metoder
- Undervisning af mikrobiologer/bioinformatikkere
Din baggrund
Du har en relevant akademisk uddannelse og en PhD i bioinformatik og er dygtig til at programmere (R og Python er foretrukket, ligeledes Snakemake for pipelines) og vant til at arbejde på HPC. Du har erfaring med fylogenetiske analyser, håndtering af store datasæt og gerne erfaring med diverse fødevarebårne bakterier.
Du er entusiastisk og kreativ person med interesse i at kombinere bioinformatik og mikrobiologi for at optimere et brugervenligt overvågningssystem baseret på WGS, og desuden løse store og små bioinformatiske problemer. Du kan løse problemer med meget kort deadline, arbejde på adskillige projekter sideløbende og du har gode samarbejds- og kommunikationsevner.
Sådan er dit kommende team
Du bliver en del af et dedikeret team bestående af 15 akademikere og ni laboranter, der arbejder med overvågning og forskning inden for evolution, typning og epidemiologi af fødevarebårne bakterier. Vi er et ambitiøst og engageret hold med tæt samarbejde på tværs af fagligheder.
Vi tilbyder dig
Dine evner og dit engagement bidrager til at løse vores fælles kerneopgave.
SSI er en arbejdsplads, der er internationalt anerkendt for at løse nationale og globale sundhedsopgaver. Du bliver en del af en organisation med 900 medarbejdere, der løfter meningsfulde opgaver, som styrker menneskers og dyrs sundhed gennem forskning og beredskab.
Vores hverdag er præget af mange forskelligartede opgaver, åbne døre og et bredt samarbejde med engagerede og dygtige kollegaer. Du får mulighed for en fleksibel hverdag med en god balance mellem arbejde og fritid, da SSI er en arbejdsplads med en 37-timers arbejdsuge inkl. frokostpause, flekstidsaftale samt mulighed for hjemmearbejde afhængigt af arbejdsopgaver.
På SSI har vi en aktiv personale- og idrætsforening (IK-SERA) med holdtræning og motionslokaler, fredagsbar og forskellige sociale arrangementer – og vores Campus rummer både tennisbaner og egen børneinstitution. SSI er placeret centralt i København med grønne arealer og gode transportmuligheder.
Lyder jobbet som noget for dig?
Send os dit CV og ansøgning, også selvom du ikke opfylder alle vores forventninger. Vi beder dig om ikke at indsætte et foto i dit CV, da vi bestræber os på en mere inkluderende rekrutteringsproces med lige muligheder for alle jobansøgere. Vi forventer at afholde samtaler fra uge 39.
For mere information om stillingen kan du kontakte Eva Møller Nielsen på e-mail emnjeremiah53kaitlinswanson@archer.dkssi.dkgarcia.dksalazar-thomas.dk og på tlf. 32683644 eller Kristoffer Kiil på e-mail coxmichaelkrkimichaelmendoza@gardner.dkwalker-bartlett.dkssi.dk og på tlf. 32683396.
Dine ansættelsesvilkår
Du vil blive ansat som akademisk medarbejder i henhold til gældende overenskomst mellem Finansministeriet og Akademikernes Centralorganisation.